Frumskeið
Þverflautan kom fyrst til sögunnar á miðöldum og var þá kölluð þýsk flauta til aðgreiningar frá öðrum flautum svo sem blokkflautu. Fyrsta myndin sem til er af þverflautu er frá 12 öld.
Barrokk flautan
Barrokk-flautan var þekkt í Englandi og Þýskalandi í byrjun 18. aldar. Einstaka flautuleikarar fóru að spila á hljóðfærið í óperum og á tónleikum og farið var að skrifa fyrir hljóðfærið. Þekktur franskur flautuleikari, Jacques Hotteterre, byrjaði að kenna ungum áhugamönnum á hljóðfærið og út frá því varð flautan vinsælt heimilishljóðfæri. Fyrsta einleiksverkið fyrir þverflautu var samið í kringum 1700 og upp frá því fóru tónskáld eins og Telemann, Handel, Bach og Vivaldi að semja fyrir hljóðfærið.
Þverflautan á 18. öld
Á 18. öld fór þverflautan að þróast í þá átt að tónsviðið breikkaði, sérstaklega á neðra sviðinu. Boruð voru fleiri göt á neðri hlutann, til að ná betri tónum á neðra sviðinu, auk þess sem auðveldara var að gera greinarmun á sterku og veiku. Flautan var nú samsett úr þrem pörtum en hafði verið einn partur fram að þessu, þetta auðveldaði smíðina.
Þverflautan á 19. öld
Á 19. öld voru notaðar margar tegundir af þverflautum í Evrópu og Ameríku. Í Vínarborg kom fram þverflauta sem var “konísk” (víkkar út alla leið) og náði niður á nótuna g. Þessi þverflauta var notuð m.a. við frumflutning á sinfóníum Beethovens.
Ensk útfærsla af þverflautu hafði tónsvið niður á nótuna c1. Ein tegund franskrar flautu var með minni fingraholur. Sú flauta sem svo náði að lokum almennri viðurkenningu var þverflauta sem kennd er við Theobald Boehm en hann útfærði klappa(takka) á flautuna.
Nútíma flautan
Flautan eins og við þekkjum hana í dag er hönnuð 1832 af gullsmiðnum og flautuleikaranum Theobald Boehm. Aðrir hljóðfærasmiðir bættu hljóðfærið og í byrjun 20. aldar var málmþverflauta með Boehm klappakerfi orðin vinsælust í Evrópu og Ameríku.
Um 1960 lagfærði flautusmiðurinn Albert Cooper munnstykki flautunnar og bætti stillingar hennar innbyrðis.